既說一切相皆是非相，金剛經上亦說：「若以色見我，以音聲求我，是人行邪道，不能見如來」，也就是說若以任何有相而求如來則終不見如來(本性)，故所見之如來則非如來，惟有真性才盡涵萬有，惟離諸相才得寂滅。既然如此，何以密教在修持各尊儀軌時，仍用所謂的「本尊種子字」？又何以仍立「本尊三昧耶形」？今特將所屬的意義略釋如下：
首先就種子字之意義而說；每尊佛或菩薩都有其特殊之證悟或所住之法門；如阿閦如來證發心門、寶生如來證福德門、無量壽佛證菩提門、不空成就佛證涅槃門．……於此各證的法門皆有詮釋及代表的有相文字，若將諸多文字連串即可成語言(咒語)，依此語言、文字之義理思惟修習，即可達到原本「所詮釋所顯現之該尊法門」，所以能詮文字、能詮語意即能詮其法要、心證。而欲詮及所證則需賴行者一點一滴之修持功夫的累積與智慧的開發始能俱之，是故自古而今，代表本尊之種子字及咒語，素不外假言說、外立文字。如阿(
)字詮為「空法門」，婆(
)字詮為「有法門」，一切的「空」、「有」皆須行者自行在修持過程中實際親證方可得，若能完全契入本尊種子字，則能由一生多，產生不同之理趣，乃至微塵諸趣，是以，本尊的一切功德自現，本身具足一切功德，而顯本尊無二。所以，種子字乃具有引領眾生頓顯功德、契入本性之功效，若無此種子字，無以令眾生聞諸尊之功德而發心修行，所以觀想修持各尊時，應先觀照其種子字之形體，由形體之專注觀照及字義而去除一切有相、有執，更而契入原本功德，因此種子字觀就成為契引眾生見佛知見不可或缺的次第，當然，若生甚深般若無法可得或不假威儀時，就根本不需一切，因為一切已具。
次就三昧耶形方面之意義而說； 前面所述之種子字係依字形字義而證知本尊本具之功德或所住之法門；而今所立之三昧耶形乃在特有的形、色方面表示諸佛菩薩各各不同的誓願，因此修觀本尊時應觀代表其誓願及特殊功德之三昧耶形，才能顯其誓願、 功德，契入法門。如阿佛之五股金剛三昧耶形，寶生佛之寶珠三昧耶形…．等等，都因其有不同之功德、誓願而證不同之法門，所以有其特殊的三昧耶形。所以 上師一再教示我們在「道場觀」時，務必細觀其三昧耶形，不可馬虎草率、不可無中生有、不可不知其趣盲修。當然，要修觀三昧耶形之前，必須先了解此三昧耶形所代表的意義，它與本尊之功德誓願之間的相關性，也就是應先了知三昧耶形之形、色上與誓願功德或精神之間必定有一致的道理存在，而不是因美觀，也不是為了異於他尊有所區別而生，更不是哪位證悟者自立自創。
如果我們將三昧耶形加以闡釋，則三昧耶是代表平等、是代表本誓、是除障、是驚覺之義；所謂「平等」是指一切眾生本有之功德，皆與如來平等無別，因此諸佛菩薩亦願令眾生能同證如來之功德。所謂「除障」是指修觀時若契入三昧耶形時，自然能破除心中無明的障難，自顯本具之佛性智慧。所謂「驚覺」是指眾生因受持本尊的三昧耶形而能驚覺自性，頓開佛慧。但是三昧耶之四種要義中以「本誓」為其根本義，也就是說諸佛菩薩當初發其誓願因地修行而成就，於今而後也憶持當初之誓願而行菩薩道，因此在任何儀軌中的「發願文」裡有一句稱「還念本誓」，所以眾生依三昧耶形而修觀，必能得本尊誓願力之加持而頓入空性。
由種子字及三昧耶形所代表的意義可了解其所立的旨趣，它主要讓行者能有依持，依此所持而能知所修之法門，乃至證知佛德。因此不可錯認「執著於文字相能產生佛性」，也就是說種子字、三昧耶形就如同手指，手指能指出明月所在，但手指卻非明月；亦如釋迦尊者所拈之花並非佛性而是借花(相)示理(性)；因此種子字及三昧耶形是助行者契入真性的色相而已，修習真言密法者應了知此義方不致誤認手指即為明月或完全棄指頑空。