真言密教以大日心王自證化他，展現恒沙眾象，而以胎藏界與金剛界兩種曼荼羅來表示的。今分別列釋於後：
一、胎藏界曼荼羅，建立十三大院之名，是以攝持、含藏為其意義，表示物、理、因、平等。今將其十三院用圖表示其諸佛菩薩的關係，並約其德而淺襗之：
謂中央八葉院之最中為大日如來，為此曼達羅唯一的本尊，其週圍的諸尊皆是由此尊流出而分生的萬象，表大日如來四智四行，故諸尊雖儼然森羅並存，但攝相歸來，即為大日一尊。其前後左右圍繞之十二院乃由總體所具無量差別之智所現。
今分述之：
(一)第一層：
1、東位遍知院－從四魔降伏之德所現，表六大中識大之德，並以識大的作用分為七尊。
2、西位持明院－從折服攝受二德所現。表五大之德，又稱五大院，共五尊。
3、 南位金剛手院－表智與慈悲心二德。
4、 北位觀音院－表智與慈悲二德。
(二)第二層 ：
1、東位釋迦院－表示以悲智二德，實現於人間，凈化現世之有情與無情，為流通教法普及六道，故現變化身。
2、西位虛空藏院－將悲智二德，闡發敷演，以表萬德之圓滿，等同虛空，遍攝萬有。
3、南位除蓋藏院－即是示用金剛手院的智門，來破除懷疑與一切煩惱的作用。
4、地藏院－顯發觀音悲門，以行利他救濟的活動。
(三)第三層 ：
1、文殊院－即為釋迦表現於外之無上智作用。
2、蘇悉地院－又名妙成就院，則是表露一切諸德之莊嚴成就。
(四)最外層之四方－外金剛部院，攝取了三界諸神、諸王，乃至六天之魔王與地嶽焰摩王，以為外護。這些天神都是為濟度上的方便，由大日如來所化現來守護佛法的。
(五)四大護院
1、東方無畏大護院。
2、西方難降大護院。
3、南方無堪忍大護院。
4、 北方懷諸佈畏大護院。
以上合稱為十三大院，為圖如下：
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