思惟者，觀察義。故大日經疏云：『如來究竟觀察十緣生句，得成普眼蓮華。』同十五云：『以此普眼觀於眾生，故名觀自在者，入此三昧已，從心種種光。』
思惟者定義也，亦定者。為觀自在初入蓮華三昧之異名也。此中自在梵本，正翻是富貴義。如人得大勢位，具足財寶，隨心所欲自然成就，此菩薩亦爾。
假令十方一切有情，希求世出世間種種資具，隨其性欲種種不同，能以如幻三昧一時給與。各得滿其所願。愍念者：慈悲義。
大疏三云：『慈悲謂憐愍之心，徹於骨髓，謂有所作，皆為建立眾生，必使成就無盡法界之樂。度脫無餘眾生之苦。』
儀軌云：『轉大妙法輪，皆從意寶生者，說思惟手也。思惟即寶，云事也。故仁王（梵字）釋云：此云思惟，又隨求（梵字）題云、或思惟寶云、或如意寶云，即此心也。即輪思惟寶生，云心也。
凡此本尊本誓，尤有思惟手，故云：愍念有情故也。其本誓者，以福智二嚴，利益六道一切眾生也。福即寶，智即輪也。故儀軌云：能轉大寶輪，此為福智路。
此文云：福即寶，云智即轉也。故文云：一切意願應心之所念，皆得成就。』又云：能斷諸結使，即是寶輪二用也。先愍念六道有情給故。為拔濟方便故也。
地獄眾生諸苦最重，菩薩於彼慈悲偏重，入深三昧，思惟愍念拔苦與樂義也。迴利生，思惟施愍念濟度者也。依思惟施福智，故思維手，為本體也。思惟之後，寶珠手表與福德之義也。
金剛智唸誦結護云：『普通一切菩薩印，是寶思惟王妙印。隨觀一一菩薩形，皆用此印。二手十指以右壓左，相叉為拳，猶如寶形，當合頭在指岐間，互相堅固，指便密無縫，勿令指頭出放指間，以印當心。』
既是名思惟寶，云思惟即寶義顯然。金印非內非外印，寶珠印也。又思維者，觀察智慧義也。我心月輪即思惟體，此月輪亦寶珠也。建立護摩儀軌云：『專注菩提心，月輪如意珠。』
又金剛智念誦結護云：『震多菩薩具足六臂，成神通應化六道，能令眾生滿六度。』覺云：『毘盧舍那內心得金剛法清淨無染三昧已，從其心出種種光。』
第二持如意寶，能滿一切願（利餓鬼道）
覺云：『鈔云：寶三密攝持，故得大悉地，觀音三密、寶珠三密、眾生三密，三平等，成大悉地。又財寶為從珠生，為人口生。即因緣和合生，依玉出寶。依行生珍，無玉有行無財，玉有無行不出寶。寶與行相應與二世寶，本覺之理，無行願時不顯。』從寶珠雨淨妙甘露濟餓鬼道飢饉苦，亦破三品貪斷餓鬼道三障也。
（梵文略），此真言，是即如意寶珠也。流放千光明，照耀十方世界。出生無邊七寶，隨一切有情願，滿其求願，是觀世音菩薩肝心法寶也。即號：思維寶，亦名如來寶，有勝用方便，能滿眾生諸願。三密相應成法寶悉地。觀音三密、寶珠三密、摩尼三密、眾生三密，密密攝持故，速得大悉地。
大疏九云：『如如意寶珠，寂然無心亦無定相，而能普應。一切皆應稱悅其心，故云巧色摩尼。從巧色摩尼身出巧色摩尼語，示巧色摩尼心。普雨法財，滿法界眾生種種希願。觀音三密、寶珠三密、眾生三密，三平等，成大悉地也。』
大疏十五云：『如如意珠，在幢頭能滿一切人願。隨心所欲，可彼所求心而至。今觀是彼從珠得生耶？從人心生耶？若從珠生，何故一切時不出？要待人心希願方出？若從人心出，則人心何不自求，何待珠也？當知不從珠出，不從人心生，不共不因緣，但和合有耳。今悉地不思議神變亦如是，但猶真言，觀本尊及身印等緣，而成悉地。
由真言故，口業淨；觀本尊故，意業淨；印故，身清淨。三事平等故，自然而有不思議業。』
依如意珠德，眾生三密淨，三業清淨故，施寶珠功能。
疏十九云：『如如意寶珠，滿一切願，乃至三事亦能淨也。若人欲其身淨，珠力故，令其身如琉璃。若欲語意淨，亦隨意、亦隨分而得淨。世法尚爾，何況如來如意妙寶而不能作如此事耶？如世珠雖作種種事，滿種種願，而寂然不動，無思無為、不來不去，為成一切；何況如來大寶耶？』
如意寶珠三密攝持，眾生三密故。
疏二云：『由三密方便，自心澄淨故，諸佛密嚴海會悉於中現。或自以如意寶珠身，於一切眾生心水中現。』觀音利生之智力緣振哆明珠之中，如意神珠之色光現眾生信心之水。
故疏十二云：『方諸向月，而水降。圓鏡向日，而火生。因緣相應而思念亦可為喻。非是諸佛有心行，而同凡夫之起應也。若心不相應事緣有缺，則本尊不加護念，故無應驗非佛菩薩等之過也。』
如意寶珠有：上中下。上品秘密真言如意珠遺告云：『大日如來為一切眾生說密教也，無非蒙萬物利益者。但此法是如如意寶珠喻。如意寶珠在名號聞，不顯實體，然而出生萬寶利益一切眾生。』
中品自然道理如來分身遺告云：『自然道理如來分身者，是注祖師大阿闍黎口決，成生玉也。密之上密，深之上深。則不注儀軌，大日如來所說也。曰生成玉，是能作性玉也。』
下品觀佛三昧經云：『有金翅鳥，名正音：伽樓羅王，命終已後，火起焚之，餘悉灰滅，唯有心。有難陀龍王取此鳥心為明珠，輪王得為如意珠。』
遺告云：『或時出善風，發雲於四州，令生長萬物，利益一切眾生。水陸府地萬物誰不蒙利哉？』轉輪王寶珠迦羅龍王心，出生珠財寶，利國土人民。真言摩尼寶，觀世音肝心，出恆沙法寶，滿眾生所願。非寶珠力用，何施觀音威德？亦離眾生信心，誰蒙摩尼利益？必行願與寶珠成就相應速成悉地。
當知佛心者，真言心是也。喻無垢寶珠寶體淨，淨行者業垢。寶珠體明淨，為垢所不染，性即無礙，能雨降無量寶。眾生心源淨，六識亦能淨，自性清淨故，得悉地成就。觀音內證珠，即無垢明珠，交眾生垢穢，不為垢穢所染，若瑩行寶珠更光明耀發。若不觀明珠，即性不淨，得清淨身器，不得至無為果。故對如意珠。
三十卷教王經二云：『一切如來大摩尼寶，以一切如來圓滿意樂三昧。於普盡無餘諸有情界，悉令獲得一切義利。即得一切適悅快樂。』
大疏五云：『內有如意寶珠，此是如來無邊福業所集成。如觀佛三昧等經廣說，滿足一切眾生願也。』
又云：『作一切諸佛菩薩真陀摩尼印，此是淨菩提心，無邊行願之所集成，常能普雨世出世間一切財寶。諸救世者，皆從性淨蓮臺中現如是寶。故云：住於白蓮上，阿闍黎言：此是通一切印，亦可於諸方皆置之。若諸佛菩薩經中不言所持印相者，亦無價寶珠皆得也。』大論十云：『如意寶珠，出自佛舍利，若法沒盡時，諸舍利皆變為如意寶珠。』
大日經具緣品云：『號名滿重願真陀摩尼珠。』
第三持念珠。為度傍生苦（利畜生道）
畜生是愚癡倍增最重故，以慧珠手滅除癡暗苦。千手經云：『我若向畜生，自得大智慧。』覺云：『念珠百八智，斷破癡暗。』念珠是智慧之用故，取數不忘失，是智用也。念珠是轉法輪於世界，母珠是彌陀也，又佛果也。線是觀自在菩薩也，從母珠轉一珠至于半。擬菩薩下化，從半至母珠，擬菩薩上求。每轉一珠斷一煩惱，斷除百八煩惱，成就百八三昧。但母珠不可逾，佛果故也！斷百八煩惱，證百八佛智。一一皆具諸法妙德。
又念珠有發心修行涅槃之四義。所謂綎是發心義；發心即是菩提心，菩提心即慈悲也。此綎入諸珠中，表觀音慈悲通諸佛心。是故念珠經中以綎為觀音。諸珠是修義。隨誦取數，如隨行增位。母珠是菩提，是故念珠經中，母珠為無量壽佛，則當菩提位也。又母珠名達磨，此云法。無量壽佛，蓮華部中佛，蓮華部名法部。故以名又引垂一珠，（在今十弟子）表涅槃義。涅槃者滅度，此涅槃有有餘無餘等四義。今此涅槃滅生死苦度菩提道；生死是沈下，菩提是昇道。是故取總數時，合時珠而從下至上也。
又菩提涅槃不可別離，故屬十數，於母珠也。又云十弟子珠表十波羅蜜，波羅蜜者度義也。即離生死岸到菩提岸也。依行從下至上近菩提，又十珠末二露珠，是表福智二嚴。是故唸誦已，安珠二掌左右垂二珠，由此念誦，得願福智，念誦法之時，先從母珠起，是依菩提發心也。
次經一一之珠到母珠，是依修行增一一位遂證菩提也。
次引上十珠，救有情義。
常喜院云：『私云：問：餘手不別云度其道，何故持珠別度傍生。答：十手利益，可有二義；一者：別表以六種三昧利六道眾生也。二者：總表一一三昧普利六道乃至十界一切眾生也。文言雖略，義意必然，貴在得意，莫守杌矣！
又問：五手所表義准可知，持珠手度傍生苦。其義云何？答：此義未詳，然念珠功德經云：珠表菩提果，中絕為斷表斷漏，線貫表觀音。母珠為彌陀，以是不應越母珠，積功德速成就故。』今案之，珠表菩提果者，菩提是智德也。彌陀觀音，是五部中智門之佛也。又念珠計數，令不忘失，是慧分也。若然念珠表佛智慧。千手經云：『我若向畜生，自得大智慧。』准之畜生愚癡重故也。以智珠手而化度之也。今云：以上三手化三惡道，三惡道重苦故。故強力自在右手用也。
左第一手（利修羅）左按光明山，成就無傾動。
阿修羅恆與諸天鬥諍，於諸善品，易退動也。故調伏其心，不傾動也。一念嗔恚，俱胝劫善根焚燒，何況常恆忿怒鬥諍耶？光明山者，補陀落山，觀音依報居淨土，山頂有寶莊嚴之道場。是觀音所依之宮殿，即智性了因智慧莊嚴，亦聚集緣因福德莊嚴。頗梨為地，種種妙華遍佈其上，寶樹行列，開敷寶華，諸枝條上垂妙天衣。微風搖激出微妙音，其聲諧韻，猶如天樂。妙香普燻三千世界，諸分身佛於寶樹下，妙寶香爐燒無價香，摩尼寶玉以為燈燭，並妙花普散諸佛。無量菩薩、聲聞、緣覺、天龍八部、天。珠美善芬馥香潔塗香抹香珠縵瓔珞，供養雲海諸婆羅蜜，供養菩薩歌讚觀音真實功德。
故法華經云：『無垢清淨光，慧日破諸闇。』
（梵文）云光明。光明者，表佛智，光明照耀，遍滿十方虛空法界，驚覺諸佛菩薩。大疏三云：『云復次山者，梵云娜伽，是不動義。謂阿闍黎瑜伽中觀，此行人住於性法中。所行善事，堅心不動』密藏記云：『心不動山不動云』如意輪經云：『亦見十方一切諸佛，亦見觀自在菩薩所居之處補陀羅山，見得自清淨』
常云：『補怛落山（此云海輪）又云光樹，又云光明山。花嚴經云：南方有山，名曰光明，彼有菩薩，名曰觀世音。』毘沙門經云：『南方海中在山，如稻樹，名小白山。』千光眼經云：『如來一時住白華山，觀自在宮殿』愚推云：『補怛落者，忿荼利迦歟。彼山多白蓮華生。』
仁濟云：『押山名光明山，其故如何？答：小野傳云：光明山者，補陀落山也。彼山樹華，當有光明，是表大悲也。』都表軌云：『布多勒迦山。』
第二持蓮手，能淨諸非法（利人道）
淨人界一切三毒非法也。梵：缽那摩，此云：紅蓮華。是表一切諸佛自性清淨意也。理趣釋云：觀自在菩薩手持蓮華，觀一切有情身中如來藏性，自性清凈無明惑所不能染。同經云：如蓮體本不為垢所染，諸欲性亦然，不染利群生。或文云：觀自在菩薩手持蓮華，一切眾生心中本來清淨理，雖沈淪無明三毒泥中，往來六趣四生，垢穢不染，猶如蓮華。大疏十五云：今祕密藏中，亦以大悲胎藏如法蓮華，最秘吉祥，一切加持法門之身，加此華臺也。然世間蓮華有無量差降，所謂大小開合，色相淺深，各各不同，如是心地華台亦有權實開合等異也。蓮華者，眾生佛性，又諸佛大悲德，又佛座，又表萬德莊嚴。又同疏云：身既無有定量，當知座及印亦如是，乃至心能廣座同彼量也。
此蓮華有三種為開敷蓮華，未敷蓮華等也。開敷表如來座。疏十五云：『若是佛為當作八葉芬陀利華，白蓮華也。其華開敷而四布。疏云：觀自在者，即是蓮華部主，為如來究竟觀察十緣生句，得成普眼蓮華。私云：觀音即體蓮華部無邊功德，只持蓮御手在者歟。』疏十二云：『一切眾生此心即蓮華三昧之因，以未能另開蓮故，為諸煩惱等之所纏繞。所以不能字了其心如實之相也。』又云：『此蓮華三昧之心，若開敷時，無量法門無不具足。為六度、十八空、三十七品、禪定解脫、百八三昧、五百陀羅尼門，如是等無量無邊，無不具足也。』疏二十云：『此八葉及中胎五佛四菩薩，豈異身乎？即一毘盧遮那身，欲分別如來內證之德，表示於外，故於一法界中作八葉分別說耳。』
私云；『胎藏一曼荼羅，十三大院，四重聖眾。又佛果萬德，眾生開悟，並持蓮手具足圓滿者也。六臂總體只此事在之，深可思之。』今此胎藏右二十一尊，中央居即胎曼荼羅，為如意輪也。智證云：『胎向東意在說法，如意菩薩思惟手。』
第三手持輪，能轉無上法（利天道）
摧天上著樂，入菩薩地位也。凡三界諸天雖免三途極重苦，未斷生死輪迴苦故，轉法輪令脫苦輪也。所以欲色無色諸天，摧破生死有漏報，覺悟無常轉變樂相也。大疏十三云：『斫羯羅（輪也），伐底（轉也）言聖者以得是法輪，願為一切眾生故，轉此法輪。』
轉者摧破義也。內破煩惱，外摧魔軍，輪有多種，六輪八輻，乃至千輻輪也。一一其表示有之。大佛頂法云：：『毘盧遮那以法界宮成八輻金輪即毘盧遮那住輪臍中。金輪之上遍照十方。』又云：『爾十方諸佛以八輪花輪，擲行者頂，此輪放光明照行者身心，三業極重罪悉消滅，忽成佛。』隨心如意寶珠轉輪秘密觀自在菩薩根本陀羅尼住云：『我現六臂莊嚴體，大悲誓願深如海，經劫無量阿僧祇，悲愛眾生如一子。今世後世能施樂，三世諸佛慈悲水，皆融皆圓皆凝堪。悉入我獨大悲海，大悲三昧思惟手，難度眾生能度相，大悲三昧明三手，八風不動利他相，大悲三昧蓮華手，能示眾生不染相，大悲三昧如意手，願求眾生諸滿向，大悲三昧金輪手，能轉法輪滅罪相，大悲三昧數珠手，三途眾生離苦相。』金剛智念誦結護云：『震多菩薩具足六臂，成六神通，應化六道，能令眾生滿足六度。』