本尊念誦法門的實修次第
本尊咒語念誦時，初步工夫應先將心靜下來，用一顆悠閒安樂的心慢慢地念誦，慢慢地使身心鬆弛下來，讓心情平穩下來。此時不宜做任何的觀想或注意音調的變化等，只要專心地持誦咒語讓心氣順暢就好。應知一切修法原理皆同，都要在自然、舒坦、無念、清淨的身心狀態下起修，才能與諸佛菩薩相應。然後隨著念誦慢慢地投入，契入本尊的性德與本尊的心溝通。但仍不要去管本尊的形象，只要安住在本尊三昧的覺受隨順安住悠遊在本尊的性海裏。自然地那種安忍不動的平穩及收攝集中的力量，會讓吾人的心變得柔軟、清淨。
本尊的三昧很多，就像每個人的心數是無止境的，每一時每一刻都不一樣，都有其獨特性。就法體而言，本尊的心是通達眾生心的，因此行者念誦時隨著其住心的不同，體受就會有所不同，故只要隨著心境契入念誦的境界，其所悟者皆是本尊的性德，所以，行者在修持念誦法門時，應一次又一次慢慢地去體會本尊的心。
念誦修持從無念又開始到心氣調順，到內心生起本尊覺受的階段，是不注重表相觀想的，即使是有現象出現亦是隨順而己。譬如：自心清淨時心中蓮花的現前。事實上蓮花只代表此刻的心境而己，所以蓮花存在與否是無關緊要的。因此，念誦修持所重視的是其意境，而非現象。不可否認的，它的現前有助於行者覺受的滋長，但行者不應執著蓮花的現前、大小、發光與否等諸現象，應著重在心境覺受的契入。隨著清淨意境契入越深，蓮花就會自然地不現而現，又何必汲汲於「現象」、「境界」的營求呢！
然而，修持念誦法門時，對於本尊聖如意輪觀音菩薩的性德要有相當的認識，對衪要有信心、景仰心、歡喜心，還要有想與本尊相應的心，感覺本尊與吾人非常的親密。當具有這樣的前行基礎後，再來修持其法門才能產生法樂，才會越修越有味道，如是佛心才能越開展。但這個了解不應是憑空想像的，而是要從本尊的尊形、種字、服飾、手上的法器及六隻手功德與日常生活的歷練等整個脈絡去了解。譬如：
一、摩尼寶珠手－摩尼寶珠又稱「如意寶珠」。摩尼寶珠清淨明澈可雨一切寶滿足一切眾生。一般人習氣未斷，慾望無窮，如果靠外相來滿足是不究竟的。佛教講因果，造何因，結何果，業果是無法避免的，所以凡事應以平常心對待，坦然接受。但人之幸福與痛苦無關乎業果的，而是根源於心。若把慾求心清淨，則不管處在多艱難困苦的環境，亦能時時如意，事事滿足，如此心就會玲瓏剔透，清淨圓滿，然則如此就與摩尼寶珠手相應矣。
二、蓮花手－證得果位的佛菩薩都是坐在蓮花座上，出汙泥而不染，表「清淨」是一切的根本。蓮花呈開敷狀，象徵心要抒展開敷。誠如赤子之心，常保舒坦、平穩、歡喜、安樂，自然能夠逐漸萬緣放下，契入自性臻於解脫。行者若能用此種清淨心態來修持蓮花手，很快就會與本尊相應，離諸塵垢常保清淨、歡喜。
三、思惟手－思惟者能夠從定中生慧，離諸苦惱也。行者若具足正見的思惟，就能夠離一切思惟、分別，專心一致持誦本尊咒，不起妄念；只在口訣上用功，就可產生定力，定在本尊性海不起妄念即是正念，有正念就不會被煩惱所牽引做出錯誤的判斷，而快速地契入自性與本尊相應。
四、念珠手－思惟手、念珠手都是希望行者每一句話、每個思緒都是正知正見。本尊手持念珠的每一顆念珠即表滅除一顆煩惱心所證得的智慧；故念念相續，精進不斷，念念智慧，念念本尊。若行者在日常生活中能常起智慧觀照，滅除愚癡，則表與本尊念珠手相應矣。
五、光明山手－世界的中心在「須彌山」，也就是吾人的心。山者表不動之體，心若不傾動則光明生矣，故以光明山表吾人自性不動之心。阿修羅道喜善惡惡，易生瞋怒，好鬥諍，象徵吾人之瞋心；若要降伏之，則需光明不動心鎮伏。因此，吾人自心若不起伏，遠離善惡分別如如不動，即與本尊光明山手相應。外在環境是共業所成，是無法控制的，但吾人可掌控自心做自己的主人，讓自心不為外境所擾，時時展現出清淨佛心，顯現光明清淨法身，做個如如不動的千年古佛，若能如是則本尊光明山手就修成了。
六、金輪手－輪者滅罪相也，威力可摧破一切無明煩惱，克服任何障礙。人類的根本問題是對物慾的執著，然而世間的東西都會成、住、壞、空，不能做為永久的依靠；是故要解決人類的痛苦，就需徹底除去對物慾的依賴，然則心若常保清淨，則本尊金輪手具足矣。
安住在本尊三昧念誦咒語時，要有「我即本尊」的佛慢。初修時本尊雖然看不到，但應感覺與本尊很熟悉，並有與本尊同在的感覺。就能量氣場而言，本尊是大氣場，吾人是小能量場。然而，吾人在修持本尊法時，要如何利用本尊的加持來增長我們的能量呢？
首先心要清淨，然後生起「我即本尊」契入本尊的三密，來引動大氣場提昇吾人的氣場能量。當自身融入本尊三密時〔形象（身）、咒語（口）、性德（意）〕，自然會不斷地產生能量，而現高大身，使行者籠罩在大氣場裏。此時再觀蓮花、種字，慢慢地念誦，慢慢地融入，就會越念越有味道，使內心充滿著清淨、圓滿、正念（我即本尊），進而產生法喜，四肢百脈皆清涼，於是隨著清淨覺受的產生，人格也隨之淨化。此階段只是降伏粗心，調順血氣而己，再接下去更深沈的心理改變與生理機能的轉換，需要把我執、身見等一切微細執念都放下。行者應知當自心清淨止於一點時，即表粗的我執散心己降伏，但尚有微細念尚未覺察，還不能算是完全清淨。此時可觀種字、咒鬘，若是覺得困難，必需由內心把一些執著再放下，禪定才能再深入，種字才能很自然地安住。當然，最正確而直接的方法是，當身心完全放鬆後，自心自然開闊，心氣即順暢，中脈自然現前，於是心輪會有一個心靈的空間，此時只要微微起意，種字自然就會安住在心輪，因為它即是吾人最寂靜平穩的心氣，行者只要住心如如不動，它就會越發明亮，而且不需花費半點心力就能安住。然後契入本尊六隻手功德的意境，把身見放下，身體就會變成一個共鳴箱，當氣機震盪時，就會抒展出清淨歡喜如如不動的心，如是照方法用功，自然能契入清淨、圓滿的意境，水到渠成自然成就六隻手的功德。隨著這個意境來觀修，就算沒有看到蓮花也會覺得蓮花在開展，如此慈悲心就產生矣，因為一切的功德都是在清淨中產生的。
觀咒鬘時，要一個字一個字慢慢地觀，清楚、不清楚都沒關係，重要的是吾人要有我即本尊，本尊與我同在的覺受，用全體觀照的心與本尊接觸，遠離一切思惟、意識，用整個心靈藉著咒語、與本尊做一種無言的心靈溝通。因為，每個人心中皆有本尊的性德，因此，只要放下一切用全部心靈持誦本尊咒語，就能與本尊相應。在持誦本尊真言時要有感情，體會到本尊的那一點性德，就用那一點覺受來念誦，但不要執著一定要觀出本尊的形象，一切都在很輕鬆自然，不用腦力的狀況下觀想。當我們念誦契入到很清淨意境時，很自然地吾人自心會安住在心輪，不住而住，那時心輪上實有一點，實無一點。咒音就由心輪住心的那一點（深沈處）像空谷迴響，像累劫以來無始的風一般，從內心深處唱誦出來。咒音的源點與吾人的住心是同一點。唱誦時要完全地放鬆進入無想的境界，自然心、氣、意合成一體在氣脈處震盪著。然而，要達到這種境界是需要很深的禪定。
在實修的過程中，要如何才能真正地契入本尊三昧？就實修方法而言，觀想蓮花時即是契入蓮花手功德；觀想月輪時即是契入寶珠手功德；觀想種字、咒鬘時即是契入八輻金輪功德；觀想蓮台光明體時，即是契入光明山手功德；安住在本尊性德時，即是契入思惟手功德；念念正念即是安住在念珠手功德。行者若能夠以清淨心如是觀想，如是住心，即能契入本尊三昧，開顯本尊性德。
很多人修持本尊法門多時，仍然習氣依舊，無明妄動不已，其原因是行者並沒有真心地投入修行。有的把知識累積當作是修行，重解不重行；有的是對本尊功德了解不夠深入，在日常生活中對本尊性德沒有相當的體受。因此，在修法時無法生起歡喜心，不能契入本尊性德。然而在修持本尊法門時，應知日常生活的磨練與本尊三昧的契入有非常密切的關係。因為隨著歲月的流轉，在日常生活中身心遭受到的磨練越多，對本尊性德的體受就會越深入。因此當吾人深深地體會到本尊六手功德時，在修法契入本尊三昧時，對於本尊六手功德就會越發深入。然而，一切德行不離自心，成就本尊六隻手功德就是完成人格的淨化。因此，真正能夠把自性本尊從內心活現出來，透由肉體眼、耳、鼻、舌、身、意，把本尊身、口、意在娑婆世界日常生活中展現出來，那才算是真正的「即身成佛」。